Vigilância Genômica de Variantes do SARS-CoV-2 em um Hospital Referência para o Tratamento de Câncer no Rio de Janeiro, Brasil

Autores

  • Élida Mendes de Oliveira Instituto Nacional de Câncer (INCA), Programa de Genética e Virologia Tumoral. Rio de Janeiro (RJ), Brasil. https://orcid.org/0009-0005-1086-9652
  • Caroline Carvalho de Sá Instituto Nacional de Câncer (INCA), Programa de Genética e Virologia Tumoral. Rio de Janeiro (RJ), Brasil. https://orcid.org/0009-0007-9337-7956
  • Julia Botto de Barros Cordeiro Instituto Nacional de Câncer (INCA), Programa de Genética e Virologia Tumoral. Rio de Janeiro (RJ), Brasil. https://orcid.org/0009-0005-2199-6534
  • Luiz Claudio Santos Thuler Instituto Nacional de Câncer (INCA), Programa de Epidemiologia Clínica. Rio de Janeiro (RJ), Brasil. https://orcid.org/0000-0003-2550-6537
  • Maria Eduarda Lanzillota Assumpção Instituto Nacional de Câncer (INCA), Programa de Genética e Virologia Tumoral. Rio de Janeiro (RJ), Brasil. https://orcid.org/0009-0008-4315-3601
  • Gabriela Seara de Andrade Instituto Nacional de Câncer (INCA), Programa de Genética e Virologia Tumoral. Rio de Janeiro (RJ), Brasil.
  • Vinicius Figueiredo Vizzoni Instituto de Pesquisas Biomédicas, Laboratório de Biologia Molecular, Hospital Naval Marcílio Dias. Rio de Janeiro (RJ), Brasil. https://orcid.org/0000-0002-7595-1607
  • João Paulo de Biaso Viola Instituto Nacional de Câncer (INCA), Programa de Imunologia e Biologia Tumoral. Rio de Janeiro (RJ), Brasil. Rio de Janeiro, Brazil https://orcid.org/0000-0002-0698-3146
  • Marcelo Alves Soares Instituto Nacional de Câncer (INCA), Programa de Genética e Virologia Tumoral. Rio de Janeiro (RJ), Brasil. https://orcid.org/0000-0002-9013-2570
  • Juliana Domett Siqueira Instituto Nacional de Câncer (INCA), Programa de Genética e Virologia Tumoral. Rio de Janeiro (RJ), Brasil. https://orcid.org/0000-0002-4266-9795
  • Livia Ramos Goes Instituto Nacional de Câncer (INCA), Programa de Genética e Virologia Tumoral. Rio de Janeiro (RJ), Brasil. https://orcid.org/0000-0002-4909-4912

DOI:

https://doi.org/10.32635/2176-9745.RBC.2024v70n3.4637

Palavras-chave:

SARS-CoV-2, COVID-19, Neoplasms/genetics, Epidemiological Monitoring, Genome, Viral

Resumo

Introdução: A rápida propagação do SARS-CoV-2 e as altas taxas de mutação durante a replicação viral levam à diversificação do vírus e ao surgimento de novas variantes. A vigilância genômica tem sido fundamental para monitorar as variantes do SARS-CoV-2 em todo o mundo. A supressão imunológica, conforme observada em pacientes com câncer, é um fator de risco para infecção por SARS-CoV-2 e covid-19 grave. Objetivo: Relatar uma vigilância genômica de dois anos do SARS-CoV-2 em pacientes com câncer acompanhados no Instituto Nacional de Câncer, Rio de Janeiro, Brasil. Método: Estudo observacional prospectivo. Foi avaliado um total de 384 amostras de swabs SARS-CoV-2+ coletadas entre outubro de 2020 e setembro de 2022. O pico do SARS-CoV-2 foi analisado por PCR e sequenciamento Sanger para determinar a variante infecciosa. Resultados: A maioria dos pacientes apresentava malignidades de órgãos sólidos (298/384; 77,6%) e 16,1% (62/384), doença metastática. Os casos graves de covid-19 representaram 29,4% (113/384) e foram registrados 27,1% (104/384) óbitos. Em relação às variantes infectantes do SARS-CoV-2, as mais comuns foram Gamma (n=137) e Ômicron (BA.1) (n=73). A distribuição da variante ao longo do tempo foi semelhante ao que foi relatado para a população geral do Brasil no mesmo período. Quando analisadas as topografias de câncer dos pacientes, a Gamma infectou pacientes com câncer de mama (47/137; 34,3%) e cervical (11/137; 8%), mais frequentemente do que outras variantes, enquanto a Ômicron predominou entre reto (10/122; 8,2%) e câncer de próstata (8/122; 6,6%) em comparação com outras variantes. Conclusão: A vigilância genômica é uma ferramenta importante para identificar e avaliar o impacto das variantes do SARS-CoV-2, e deve prosseguir especialmente em populações imunossuprimidas.

Downloads

Não há dados estatísticos.

Referências

World Health Organization [Internet]. Geneva: 2020. Coronavirus disease (COVID-19) pandemic Overview.[accessed 2024 Mar 19]. Available at: https://www.who.int/europe/emergencies/situations/covid-19

Scovino AM, Dahab EC, Vieira GF, et al. SARS-CoV-2’s variants of concern: a brief characterization. Front Immunol. 2022;13:834098. doi: https://doi.org/10.3389/fimmu.2022.834098 DOI: https://doi.org/10.3389/fimmu.2022.834098

Centers for Disease Control and Prevention. SARS-CoV-2 Variant classifications and definitions. [Internet]. [Atlanta]: CDC; 2023. [update 2023 Sep 1; accessed 2024 Mar 19] Available at: https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/variants/variant-classifications.html

Pinheiro JR, Reis EC, Farias JP, et al. Impact of early pandemic SARS-CoV-2 lineages replacement with the variant of concern P.1 (Gamma) in Western Bahia, Brazil. Viruses. 2022;14(10):2314. doi: https://doi. org/10.3390/v14102314 DOI: https://doi.org/10.3390/v14102314

World Health Organization [Internet]. Geneva: WHO; 2021. COVID-19: Surveillance, case investigation and epidemiological protocols - Guidance for surveillance of SARS-CoV-2 variants: Interim guidance, 9 August 2021,

ago 9. [update 2023 Sep 1; accessed 2024 Mar 19] Available at: https://www.who.int/publications/i/item/WHO_2019-nCoV_surveillance_variants

Ren SY, Wang WB, Gao RD, et al. Omicron variant (B.1.1.529) of SARS-CoV-2: Mutation, infectivity, transmission, and vaccine resistance. World J Clin Cases. 2022;10(1):1-11. doi: https://doi.org/10.12998/wjcc.v10.i1.1 DOI: https://doi.org/10.12998/wjcc.v10.i1.1

Chakraborty C, Bhattacharya M, Sharma AR, et al. A comprehensive analysis of the mutational landscape of the newly emerging Omicron (B.1.1.529) variant and comparison of mutations with VOCs and VOIs. Geroscience. 2022;44(5):2393-425. doi: https://doi.org/10.1007/s11357-022-00631-2 DOI: https://doi.org/10.1007/s11357-022-00631-2

Mlcochova P, Kemp SA, Dhar MS, et al. SARS-CoV-2 B.1.617.2 Delta variant replication and immune evasion. Nature. 2021;599(7883):114-9. doi: https://doi.org/10.1038/s41586-021-03944-y DOI: https://doi.org/10.1038/s41586-021-03944-y

Lee ARYB, Wong SY, Chai LYA, et al. Efficacy of covid-19 vaccines in immunocompromised patients: systematic review and meta-analysis. BMJ. 2022;376:e068632. doi: https://doi.org/10.1136/bmj-2021-068632 DOI: https://doi.org/10.1136/bmj-2021-068632

Siqueira JD, Goes LR, Alves BM, et al. SARS-CoV-2 genomic analyses in cancer patients reveal elevated intrahost genetic diversity. Virus Evol. 2021;7(1):veab013. doi: https://doi.org/10.1093/ve/veab013 DOI: https://doi.org/10.1093/ve/veab013

Goes LR, Siqueira JD, Garrido MM, et al. Evidence of recurrent selection of mutations commonly found in SARS-CoV-2 variants of concern in viruses infecting immunocompromised patients. Front Microbiol. 2022;13:946549. doi: https://doi.org/10.3389/fmicb.2022.946549 DOI: https://doi.org/10.3389/fmicb.2022.946549

Artic Network [Internet]. SARS-CoV-2 Amplicon Set Version 3. [place unknown]: Artic Network; 2019.[update 2023 Sep 1; accessed 2024 Mar 19]. Available at: https://artic.network/ncov-2019

Goes LR, Siqueira JD, Garrido MM, et al. New infections by SARS-CoV-2 variants of concern after natural infections and post-vaccination in Rio de Janeiro, Brazil. Infect Genet Evol. 2021;94:104998. doi: https://doi. org/10.1016/j.meegid.2021.104998 DOI: https://doi.org/10.1016/j.meegid.2021.104998

Nguyen LT, Schmidt HA, von Haeseler A, et al. IQ-TREE: a fast and effective stochastic algorithm for estimating maximum-likelihood phylogenies. Mol Biol Evol. 2015;32(1):268-74. doi: https://doi.org/10.1093/molbev/msu300 DOI: https://doi.org/10.1093/molbev/msu300

Kalyaanamoorthy S, Minh BQ, Wong TKF, et al. ModelFinder: fast model selection for accurate phylogenetic estimates. Nat Methods. 2017;14(6):587-9. doi: https://doi.org/10.1038/nmeth.4285 DOI: https://doi.org/10.1038/nmeth.4285

Conselho Nacional de Saúde (BR). Resolução n° 466, de 12 de dezembro de 2012. Aprova as diretrizes e normas regulamentadoras de pesquisas envolvendo seres humanos. Diário Oficial da União, Brasília, DF. 2013 jun 13; Seção I:59.

Dashboard Genomic Network [Internet]. Rio de Janeiro: Fiocruz; 2024. SARS-CoV-2 Genomic Surveillance in Brazil, 2024 jul 9. [update 2023 Sep 1; accessed 2024 Mar 19] Available at: https://www.genomahcov.fiocruz. br/dashboard-en/

Markarian NM, Galli G, Patel D, et al. Identifying markers of emerging SARS-CoV-2 variants in patients with secondary immunodeficiency. Front Microbiol. 2022;13:933983. doi: https://doi.org/10.3389/fmicb.2022.933983 DOI: https://doi.org/10.3389/fmicb.2022.933983

Costa GJ, Azevedo CRAS, Júnior JIC, et al. Higher severity and risk of in-hospital mortality for COVID-19 patients with cancer during the year 2020 in Brazil: A countrywide analysis of secondary data. Cancer. 2021;127(22):4240-8. doi: https://doi.org/10.1002/cncr.33832 DOI: https://doi.org/10.1002/cncr.33832

Silva JL, Souza BSW, Albuquerque LZ, et al. Factors influencing COVID-19 mortality among cancer patients: a brazilian multi-institutional study. PLoS One. 2023;18(12):e0295597. doi: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0295597 DOI: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0295597

Downloads

Publicado

2024-07-19

Como Citar

1.
Oliveira ÉM de, Sá CC de, Cordeiro JB de B, Thuler LCS, Assumpção MEL, Andrade GS de, Vizzoni VF, Viola JP de B, Soares MA, Siqueira JD, Goes LR. Vigilância Genômica de Variantes do SARS-CoV-2 em um Hospital Referência para o Tratamento de Câncer no Rio de Janeiro, Brasil. Rev. Bras. Cancerol. [Internet]. 19º de julho de 2024 [citado 14º de dezembro de 2025];70(3):e-094637. Disponível em: https://rbc.inca.gov.br/index.php/revista/article/view/4637

Edição

v. 70 n. 3 (2024): jul./ago./set.

Seção

ARTIGO ORIGINAL

Licença

Os direitos morais e intelectuais dos artigos pertencem aos respectivos autores, que concedem à RBC o direito de publicação.

Creative Commons License
Este trabalho está licenciado sob uma licença Creative Commons Attribution 4.0 International License.

Artigos mais lidos pelo mesmo(s) autor(es)

<< < 1 2 3 4 5 > >>